移栽机构是水稻移栽机的主要工作部分，由移栽机、其驱动机构和轨迹控制机构组成。在驱动机构和轨迹控制机构的控制下，苗木提取器将苗箱中的一定数量的苗木按照一定的轨迹分离出来并插入土壤，然后返回原位开始下一周期。根据苗木的运动方式，有垂直和水平两种。 ①水平移栽机具有适合拉苗插秧的苗夹和适合取土插秧的切苗爪，两者可根据需要互换使用。水稻苗夹由可动夹和固定夹组成。通过取走水稻苗片进行切割和堆垛，带土苗可以顺利从苗夹中取出。
②垂直移栽机具有适合拉苗和插秧的梳齿爪，适合携带土苗和插秧的梳齿爪，或筷子式爪。在分离水稻苗的过程中，梳齿苗爪可以识别苗木。当筷子爪插入带土苗时，通过推挤带土苗将其推出。
在水稻苗行（或水稻苗）上布置一定数量的 水稻移栽机 ，距离规定。在滚动式垂直移栽机中，有2~4行水稻苗爪行，通过旋转槽的旋转臂以圆周运动连接。在摇摆式水稻移栽机上，通常一行水稻爪与摇摆臂关节连接以实现往复摇摆，或者可以在一组曲柄-连杆机构上直接安装苗木捕捉器以进行分组驱动。在大多数水稻移栽机中，除了驱动机构外， 水稻移栽机 的运动轨迹由控制机构控制。常用的轨迹控制机构包括导轨、滑块、凸轮、行星齿轮和四杆机构，这些机构与各种驱动机构结合，形成各种类型的苗木移栽机构。